Приказом МВД СССР от 27 апреля 1946 года на основании постановления Совета Министров СССР от 20 апреля 1946 года в составе Управления войск МВД по охране особо важных объектов промышленности было создано и 5 мая сформировано Специальное отделение для руководства охраной важнейших научно-исследовательских институтов и лабораторий Академии наук СССР. Специальным приказом МВД СССР было предписано к 25 мая 1946 года сформировать за счет войск по охране особо важных объектов промышленности пять комендатур. Первой из них стала специальная комендатура по охране Лаборатории измерительных приборов № 2 Академии наук СССР, которая затем стала Институтом атомной энергии имени И.В. Курчатова. В настоящее время это Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт».
От охраны лабораторий, институтов и отдельных заводов специальные части перешли к охране создаваемых закрытых городов, где концентрировались лучшие научные и инженерно-конструкторские силы. Первым таким городом стал Челябинск-40 (сегодня – город Озерск), который был принят под охрану войсками в сентябре 1947 года. Первую промышленную атомную электростанцию (Обнинская АЭС) войска приняли под охрану в 1954 году.
В ходе выполнения задач военнослужащие воинских частей по охране важных государственных объектов и специальных грузов обеспечивали проведение испытаний ядерного оружия в Семипалатинске и на полигоне острова Новая Земля, участвовали в ликвидации последствий аварий на комбинате «Маяк» в 1957 году и на Чернобыльской АЭС в 1986 году, на Сибирском химическом комбинате в 1993 году.
Сегодня под надежной охраной соединений и воинских частей по охране важных государственных объектов и специальных грузов находятся более 70 предприятий, учреждений и организаций. Войсками охраняются объекты ядерного оружейного комплекса, атомные станции, научно-исследовательские институты и конструкторские бюро, особо режимные объекты, объекты
оборонной промышленности, производства и хранения боеприпасов, взрывчатых веществ, государственных ценностей.
С началом специальной военной операции военнослужащие соединений и воинских частей по охране важных государственных объектов и специальных грузов выполняют задачи в составе батальонных тактических групп, осуществляют охрану и оборону Запорожской АЭС, а также обеспечивают безопасное функционирование объектов, расположенных на альтернативном маршруте для своевременного обеспечения жизнедеятельности полуострова Крым.
